環狀 RNA (circRNAs) 是共價封閉的長鏈非編碼 RNA，在多種細胞活動和多種人類疾病中具有重要作用。在雙鏈 DNA 病毒（dsDNA) 中已經發現了幾種與癌癥相關的病毒 circRNA。研究人員通過計算預測來自病毒感染相關 RNA 測序數據的病毒 circRNA，對 23 個病毒物種的 11924 個 circRNA 進行了系統調查。除了 dsDNA 病毒外，研究還揭示了單鏈 RNA 病毒和逆轉錄病毒中的大量 circRNA，如寨卡病毒、甲型流感病毒、扎伊爾埃博拉病毒和人類免疫缺陷病毒。
數據庫 VirusCircBase
大(da)多數(shu)病(bing)毒 circRNA 在反向剪接位(wei)點(dian)的(de)(de)側(ce)翼序列(lie)(lie)上具有反向互補序列(lie)(lie)或(huo)重復(fu)序列(lie)(lie)。大(da)多數(shu)病(bing)毒 circRNA 只在特定物種的(de)(de)特定細胞系或(huo)組織中表達。功(gong)能富(fu)集分(fen)析表明(ming)，dsDNA 病(bing)毒的(de)(de)病(bing)毒 circRNA 參(can)與了與癌癥相關(guan)的(de)(de) KEGG 通路。本(ben)研究(jiu)中展示的(de)(de)所有病(bing)毒 circRNA 都整理在 VirusCircBase 中，該(gai)數據庫可(ke)在 //www.computationalbiology.cn/ViruscircBase/home.html 免費獲得，是病(bing)毒 circRNA 數據庫。此(ci)外，研(yan)究人員利用(yong)(yong) TarPmiR 預(yu)測 miRNA 和 circRNA 之間(jian)的潛在相(xiang)互作用(yong)(yong)。對(dui)于每(mei)個 circRNA，都提供了可(ke)能與 circRNA 相(xiang)互作用(yong)(yong)的 miRNA。并給出了相(xiang)互作用(yong)(yong)概(gai)率和相(xiang)互作用(yong)(yong)區域。
數據庫內檢索方式
在數據(ju)庫中可以通過(guo) browse 來進行 circRNA 的搜索，包(bao)括可以在病毒所屬(shu)的 family 層面和病毒核酸(suan)類(lei)型（group）來進行搜索。
單擊相應的病毒即可得到該病毒的 circRNA 信息，以 Human betaherpesvirus 5 病毒為例，可以搜索到 3612 個 circRNA，包括名字，病毒的基因組信息，circRNA 的位置信息，circRNA 所屬的基因 name，檢測到該 circRNA 的 junction reads 數，預測出該 circRNA 的方法，以及該病毒的宿主等信息。
據報道，多種病毒 circRNA 在癌癥的進展中起重要作用。例如，人乳頭瘤病毒中的病毒 circRNA E7 (CircE7) 被 m6A 修飾，編碼 E7 蛋白，可以調控癌細胞的增殖。同時 circRNA 可以作為 miRNA 的吸附海綿，來調控 mRNA 的表達，進而影響疾病的發生發展。那么病毒產生的 circRNA 是否可以通過吸附宿主的 miRNA，進而來調控宿主的基因表達呢？該數據庫也提供了病毒 circRNA 和宿主 miRNA 結合的數據，包括病毒 circRNA name，宿主 miRNA name 以及兩者的結合位點，及預測的可能性（%）。
總結
VirusCircBase 是(shi)在(zai)公(gong)共衛生背景下(xia)進一步探索和研(yan)(yan)究(jiu)(jiu)病毒 circRNA 的(de)基(ji)礎(chu)圖譜，也為研(yan)(yan)究(jiu)(jiu)病毒和宿主(zhu)之(zhi)間的(de)相(xiang)互作(zuo)用(yong)提供了研(yan)(yan)究(jiu)(jiu)基(ji)礎(chu)。
參考文獻：Zena C , Yunshi F , Zheng Z , et al. VirusCircBase: a database of virus circular RNAs[J]. Briefings in Bioinformatics.
ceRNA 研究利器 -Shbio ceRNA 芯片
Shbio ceRNA 芯片自推出以來，助力伯豪客戶發表了多篇高分文章。來自天津平津醫院的研究團隊借助 Shbio human ceRNA 芯片 V1.0 篩選膠質母細胞瘤（GBM）中特異高表達的 circRNA/lncRNA，通過進一步的分子機制及功能研究發現 circNT5E 能夠作為 miRNA-422a 的海綿吸附體，抑制其活性，進而影響膠質母細胞瘤的腫瘤發生。來自天津的另一研究團隊利用 Shbio human ceRNA 芯片 V1.0 檢測胃癌病人血漿外泌體中關鍵的 circRNA，通過一系列的研究發現外泌體中的 circRNA ciRS-133 可以通過靶向 miR-133/PRDM16 途徑促進白色脂肪褐變。
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