之前我們略述了代謝組學的課題設計,按照設計的思路進行實驗后,就需要進行代謝樣本的收集了。今天咱按照不同類型的樣本,給大家提供一點收集的建議。
一、針對細胞類型樣本,可分為四類如下:
1、貼壁細胞
2、懸浮細胞
3、微生物
4、 胞外代謝(xie)產物
四類細胞樣本處理方法如下:
1、貼壁細胞
去除培(pei)養基,采用預冷的 PBS 清洗 2 - 3 次(ci),離心(xin)棄去上清,加入 1ml 60% 冷甲(jia)醇,把培(pei)養容器中的所有細胞都(dou)刮取干凈(jing),收(shou)集在 1.5ml 離心(xin)管(guan)中,液氮速凍后 -80°C 保存(cun)。
2、懸浮細胞
離(li)(li)(li)心收集懸浮細胞,用(yong)預冷的 PBS 清洗 2 - 3 次(ci),離(li)(li)(li)心棄上清,收集細胞于(yu) 1.5ml 離(li)(li)(li)心管中,液氮速(su)凍后 -80°C 保存。
3、微生物
取生(sheng)(sheng)長對數后(hou)期的(de)或(huo)者穩定期中(zhong)段的(de)微生(sheng)(sheng)物,低溫(wen)離心(4°C, 12000rpm, 10min),沉淀微生(sheng)(sheng)物,去掉上清液,放入液氮中(zhong)或(huo) -80°C 保存。
4、胞外代謝產物
培養基上清收集(ji)后(hou)液(ye)氮淬滅,凍干處理后(hou) -80℃保存。
二、針對植物樣本可按部位分為根、莖葉、果實及培養液等,其樣本處理方法如下:
1、根
取植物的根部 50mg 以上,用 PBS 漂洗掉根上的泥土后用吸水紙吸掉多余水分,裝入離心管,立即用液氮速凍處理 15min,于 -80°C 下保存。
2、莖、葉、花等
參(can)照實驗設計取特定組織部位(wei) 50mg 以上。用(yong)錫箔紙包裹并標記后,立即用(yong)液氮速凍(dong)處理(li) 15min,于 -80°C 下保(bao)存(cun)。
3、果實
將同(tong)組的植株種(zhong)子(zi)混勻后分裝 50mg 以(yi)上至凍存(cun)管(guan)中,立即用(yong)液(ye)氮速(su)凍處理 15min,于 -80°C 下保存(cun)。(如果果實外殼較硬,需要用(yong)粉碎(sui)機(ji)打碎(sui)過篩(shai)。)
4、植物培養液
直(zhi)接低溫(wen)離心(xin)(4°C, 12000rpm, 10min),取(qu)上清(qing)液(ye),移至 1.5mL 離心(xin)管,200μL 分(fen)裝后(hou),于 -80°C 下(xia)保存。
三、針對臨床和動物類型樣本,其樣本處理方法如下:
主要可分為體液(血清、血漿、尿液、淚液、腦脊液等)和組織類型(肝臟、腫瘤、肌肉、糞便等)等,處理方法如下:
1、血清
血液(ye)收(shou)集在不含抗凝劑的(de)離(li)心(xin)管(guan)(guan)中(zhong) 4°C(或冰浴)靜置 1h 進行凝固分層,低溫離(li)心(xin)(4°C, 12000rpm, 10min),取(qu)上清(qing)轉移(yi)至干(gan)凈的(de)離(li)心(xin)管(guan)(guan)中(zhong)。取(qu)上清(qing)分裝到 1.5mL 離(li)心(xin)管(guan)(guan)中(zhong),每管(guan)(guan) 0.2mL,于 -80°C 下(xia)保存。
2、血漿
使(shi)用(yong)肝素鈉抗凝(ning)管采集全血,輕(qing)輕(qing)搖晃(huang)采血管(避免紅細胞破(po)裂)使(shi)抗凝(ning)劑和血液充分(fen)混(hun)合,低溫離心(4°C, 12000rpm, 10min),取(qu)上清液分(fen)裝(zhuang)到 1.5mL 離心管中,每(mei)管 0.2mL,于 -80°C 下保存。
3、尿液
取(qu)稱取(qu)中(zhong)(zhong)段尿(niao)到離心管中(zhong)(zhong),低溫離心(4°C, 12000rpm, 10min),吸取(qu)澄清尿(niao)液(ye)分裝到 1.5mL 離心管中(zhong)(zhong),每(mei)管 0.2mL,于 -80°C 下保存(cun)。
5、組織(肝臟、腫瘤、肌肉等)
根(gen)據實驗設計取特定組織部位,如果組織上(shang)有血液殘留,用(yong)生理鹽水將(jiang)其漂洗掉,按照 100 mg/ 樣本裝入凍存(cun)管中;后(hou)立(li)即用(yong)液氮速凍處理 15min,于 -80°C 下保(bao)存(cun)。
以上是主要常見的幾種樣本類型采集方式啦,不過生物樣本類型多樣,童鞋們有其他類型的樣本不確定如何收集可與我們直接溝通~
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